בחודשים האחרונים פעלה העירייה רבות על מנת להכניס את בית הכנסת אל תכנית השימור הממשלתית, כאשר מעבר למעמד והחשיבות של האתר יש לכך גם השלכות תקציביות רבות בפיתוחו. תכנית שימור האתר נחלקת לשלושה שלבים: השלב הראשון יכלול הסדרת דרך הגישה לאורך האתר, שילוט והמחשות לאורך הדרך, שימור, שחזורים וקירוי בית הכנסת והחצר, שימור וייצוב מקווה הטהרה, שימור והסדרת כניסה למערה וגידור ושילוט אינפורמטיבי ובטיחותי למבקרים במקום.
השלב השני יכלול שימור מתקנים חצובים באזור המגורים, שילוט והכנת תשתית חשמל ותאורה. השלב השלישי והאחרון יכלול בניית מרכז מבקרים שישמש בשעות הבוקר את באי האתר והתלמידים שיגיעו לבקר וללמוד עליו ועל מורשת החשמונאים.
ראש עיריית מודיעין, מכבים-רעות, חיים ביבס אמר בעקבות אישור התוכנית: "תכנית המורשת הלאומית היא תכנית מבורכת המקדמת את תחום הארכיאולוגיה והמורשת במדינת ישראל באופן חסר תקדים. זו ההיסטוריה של מדינת ישראל, והכנסתו של אום אל עומדן היא בשורה משמעותית עבור העיר מודיעין, מכבים-רעות. המעמד שניתן לאתר במסגרת התוכנית והשקעת המשאבים בו תציב אותו כאחד מאתרי המורשת בישראל".
